Po dlhom čakaní, rocková kapela vydala 5. mája prostredníctvom Warner Bros Record nový album Stadium Arcadium, ktoré je deviate štúdiové album Red Hot Chili Peppers. Album obsahuje 2CD (Jupiter a Mars), čiže 28 piesní. Pôvodne malo obsahovať 3CD (ešte Saturn) no skupina sa rozhodla pre dve. Nový album bol predstavený v Bilbao - Guggenheimovo múzeum, koncert pre 500 ľudí.
Prvý singel Dani California je pieseň na obnovevnie rockovej scény - tiež videoklip, ktorý začína rock'n'rollom päťdesiatych rokov, šesťdesiate roky- kapela v oblekoch a okuliaroch, prelom šesťdesiatych a sedemdesiatych rokov, behom sedemdesiatych rokov v štýle glitter rock, funk, pak goth a metal a nakonec Red Hot Chili Peppers. Pieseň vládla 14. týždňov na 1. mieste v rebríčku Billboard Modern Rock. Ďalej na 6. mieste v rebríčku Billboard Hot 100. Ďalší singel bol Tell Me Baby, ktorý sa tiež dostal do vrcholových medzinárodných rebríčkov. Aj tretí singel Snow (Hey Oh) z nového albumu je naďalej úspešný a z týchto 3 singlov albumu, kapela prvý krát dostala 3x po sebe idúce umiestnenia číslo 1 v Modern Rock Billboard rebríčku. Desecration Smile je názov štvrtého singlu, ktorý dosiahol 27. priečku v britskej hitparáde. Ďalší singel Hump De Bump, bol najskôr vydaný v Severnej Amerike a Austrálii 7. apríla, medzinárodne 10. mája. Charlie je ďalší singel z nového albumu, ktorý bol súťaž pre fanúšikoov, vytvoriť najlepší videoklip k piesni. Bol určený len pre internet - na kanál youtube sa dostal 6. marca.
Predalo sa niečo cez milión kusov v prvom týždni, celkovo od svojho vydania sa predalo viac ako 7 miliónov kusov po celom svete. Kapela je jedná z víťazov Grammy, kde vyhrala 4 ocenenia, vrátane najlepší rockový album - Stadium Arcadium, najlepší rock song - Dani California, najlepší producent - Rick Rubin a najlepšia prezentácia alebo limitovaná edícia - Stadium Arcadium. Počas turné sprevádza kapelu aj priateľ Josh Klinghoffer, ktorý hrá na gitaru, sprievodné vokály v niektorých skladbách.

Live in Hyde Park je prvý live album, ktorý sa natáčal v londýnskom parku Hyde Park behom troch dní v roku 2004.

Greatest Hits je druhá kompikácia hitov, ktorá bola vydaná 18. novembra 2003. Prvá komplikácia bolo album What Hits, ktoré obsahovalo hity od roku 1984 po 1989.

V novembri 2001 sa kalifornská skupina presunula do štúdia, aby dňa 9. júla 2002 vydala svoj ôsmy štúdiový album s názvom By The Way. Prvým singlom bola pieseň By The Way, ktorá sa držala na 1. mieste v rebríčku Billboard Modern Rock po dobu 14. týždňov. Album dosiahlo druhú priečku v americkom rebríčku Billboard200.
Skupina ďalej vydala singel The Zephyr Song, po ňom tretí singel Can't Stop, ktorý prichádza s cieľom osloviť moderný rock. Posledný singel z tohto albumu bol Universally Speaking.
Vďaka tomuto albumu Red Hot Chili Peppers získali hneď dve ocenenia na MTV Europe Music Awards - pre najlepšiu skupinu a najlepší live koncert rockovej kapely. Ďalej na MTV Video Music Awards Latin America za najlepšieho medzinárodného rockového umelca. Bolo predaných cez 282 000 nosičov v prvom týždni, celkovo sa predalo cez 9 miliónov kópií po celom svete, album bol považovaný za odklon od hudobného štýlu z predchádzajúcich albumov.

Koncom roka 1998 sa skupina vrátila do kalifornského štúdia nahrať album Californication. Album vyšiel 8. júna 1999 a je siedmy štúdiový album kapely. Nová doska sa umiestnila na 3. mieste v rebríčku Billboard 200. Vo zvyšku sveta album sa umiestnilo na 5. priečke v britskej hitparáde Top 40, 1.miesto vo Fínsku, Rakúsku, Švédsku a Novom Zélande, 2. miesto francúzske Top 40.
22. júla 1999 album bol certifikovaný ako zlatý, získal 5 platinových ocenení. Album dosiahol veľký úspech vďaka Scar Tissue, ktorý strávil 16. týždňov na prvom mieste Modern Rock Billboard Chart, vyhral cenu Grammy za najlepšiu rockovú pieseň. Ďalšie piesne Californication a Otherside sa umiestnili na 1. miesto Billboard rockových piesní. Ostatné single boli Around The World, Road Trippin, Parallel Universe.
S návratom gitaristu Johna Frusianteho, Red Hot Chili Peppers sa spamätali po kritickom prijatí ich predchádzajúceho albumu One Hot Minute, ktorý nebol veľmi úspešný. Album Californication dosiahol veľkého komerčného úspechu po celom svete, predalo sa viac ako 15. miliónov kusov vo svete a je najpredávanejší doteraz. Následným vydaním Californication, kapela začala turné na podporu albumu, najskôr v Spojených Štátoch Woodstock 99. Euróske turné sa začalo na červenom námestí 14. augusta 1999 v Moskve, v porovnaní s 200 000 ľudmi na koncerte, kapela pokračovala vo veľkom turné v New Yorku, na Big Day out v Austrálii a Japonsku. Flea začal cítiť, že nemôže pokračovať v turné, takže kapela nemohla vykonávať niektoré koncerty. Ako jeden z posledných akcií uskutočňovaných pred uvoľnením By the Way, Chili Peppers hrali na Rock in Rio, kde ukončili turné.

S príchodom nového gitaristu Davea Navarra sa hudba mení. Skupina si prenajala dom na Havaji, na zloženie ich ďalšieho albumu, ale tieto stretnutia neboli príliš produktívne. Kapela ďalej nahrávala v Los Angeles. Keď dokončili pár pesničiek, spevák Anthony Kiedis začal mať problémy zo spevom a po piatych rokoch bez drog, sa stal znova drogovo závislým. Neskôr Navarro spochybňoval nahrávacie metódy kapely, čudoval sa, prečo toľko improvizácie. Keď už nemali Fruscianteho, Kiedis napísal piesne na veľmi pomalé tempo. Kiedis a Flea šli na dovolenku, na doplnenie materiálu. Mnohé z piesní boli písané v čase, keď Kiedis skrýval svoju závislosť.
Zložiť One Hot Minute trvalo takmer dva roky a jeho nahrávanie a výrobné procesy boli problematické, pretože nový gitarista Dave Navarro sa cítil ako votrelec v kapele. Dňa 12. septembra 1995, bol vydaný nový album s ironickým názvom One Hot Minute. Album dostal kritiku, že nebol tak dobrý ako jeho predchodca. Len v Amerike sa predalo viac ako 2 000 000 kusov. Posledný koncert kapely s Dave Navarro sa konal na Fuji Rock festivale v roku 1997, pršalo. Na tomto koncerte Anthony mal zlomenú ruku.
Dave a Anthony bojovali v tej dobe proti drogovej závislosti. Kapela sa snažila prehovoriť Davea, aby sa dal liečiť, proti jeho závislosti, najskôr nechcel, ale neskôr súhlasil, kapela sa skoro rozpadla.
Flea začal otázkou budúcnosti kapely, a myslel, že oddelenie by bolo potrebné, ale bol vykonaný ešte posledný pokus sa udržať pohromade, tak sa Flea spýtal Fruscianteho, ktorý dokončil rehabilitačný program pre závislosť od heroínu, ten ponuku prijal, začal od radosti plakať a vrátil sa do kapely.

Out in L.A je komplikácia vzácnych nahrávok Red Hot Chili Peppers, ktoré bolo vydané 1. novembra 1994. Mnohí považujú za najlepšiu pieseň demo Green Heaven. Po odchode Johna z kapely, prichadza Dave Navarro.

What Hits !? vyšlo 29. septembra 1992, je to kombinácia najlepších skladieb z ich prvých štyroch albumov, a ešte soundtrack k filmu Pretty Woman.

Blood Sugar Sex Magik je piate štúdiové album, ktoré bolo vydané 24. septembra 1991 . Bolo predaných viac ako 13 000 kópii po celom svete. Album bol veľmi úspešný a je to jeden z najlepších albumov Red Hot Chili Peppers vôbec. Pesnička Under the Bridge je venovaná zosnulému gitaristovi Hillelovi Slovakovi, ktorá sa dostala do prvenstiev v svetových rebríčkoch. A tak sa Red Hot Chili Peppers stali skutočnými hviezdami.

Mother's Milk je štvrté album, ktoré americká funkrocková kapela vydala dňa 16. augusta 1989 a predalo sa vyše dvoch miliónov kusov. Do kapely prichádza gitarista John Frusciante. Album vyšlo rok po smrti gitaristu Hillela Slovaka, ktorý zomrel na predávkovanie heroínom. Z kapely kvoli tomu odišiel bubeník Jack Irons, ktorého nahradil Chad Smith.

The Uplift Mofo Party Plan je tretie album Red Hot Chili Peppers. Bolo vydané v roku 1987. Bolo to prvé album skupiny, ktoré sa dostalo do amerického rebríčka Billboard Top 200, ale len na 148. miesto. Po vydaní albumu Hillel Slovak zomiera 25. júna 1988 na predávkovanie heroínom, čo má za následok že Jack Irons odíde z kapely.

Freaky Styley je druhé album od Red Hot Chili Peppers, ktoré bolo vydané 16. augusta 1985 prostredníctvom EMI. Do kapely sa pred týmto albumom vrátil gitarista Hillel Slovak. Album rovnako nemal úspech ako predchádzajúci album, opäť nedosiahlo komerčného úspechu.

The Red Hot Chili Peppers je názov prvého albumu kalifornskej skupiny Red Hot Chili Peppers, ktorý vyšiel v roku 1984. Album nemal príiš veľkú odozvu u kritiky a komerčný úspech sa taktiež nedostavil. Kapela chodila na turné, na podporu albumu, no len 500 dolárov zarobil každý člen skupiny.Toto album zostáva najmenej známou nahrávkou od rehotov.